Kohanimede uurimisel on hindamatuks allikaks vanad üleskirjutused, mis Eesti kontekstis ulatuvad tagasi 13. sajandi algusesse, kuid leidub ka vanemaid. Peamisteks allikateks on Henriku Liivimaa kroonika, mis käsitleb ajavahemikku 1180 -1227, ning Taani kuninga Valdemar II Võitja ülesandel koostatud Taani hindamisraamat, mis muuhulgas sisaldab üle 500 Põhja-Eesti kohanime aastast 1241.
Arhiivid sisaldavad tohutul hulgal ajaloolist materjali, kuid nende kasutamine on aeganõudev ja keerukas, sest kõik uurijad ei valda nende dokumentide keelt. Seevastu ajaloolised kaardid on tänapäeval digitaalselt kergesti kättesaadavad ja loetavad. Olenemata allikast ja selles sisalduvast teabest tuleb kõigesse suhtuda kriitiliselt.
Kohanimede uurimise eesmärk on välja selgitada nime algne tähendus. See eeldab oskust vaadata tagasi aega, mil nimi võis tekkida. Kohanime kujunemine sõltub koha ajaloost, sealhulgas ajast, tingimustest ja muudest oludest, mille käigus asustus tekkis ja arenes. Alles seejärel saab hakata oletama, mida kohanimi võis algselt tähendada. Kui mingit kohanime on käsitletud 1241. aasta hindamisraamatus, ei tähenda see, et koht või nimi tekkisid just sel ajal. Pigem osutab see sellele, et asustus oli selleks ajaks juba välja kujunenud, ehkki selle algus võis ulatuda sajandeid varasemasse aega.
Mõnikord tundub nimi väga lihtne ja läbipaistev, kuid see võib olla petlik. Ajalooliste kohanimede tõlgendamisel ei saa lähtuda tänapäevastest sõnadest ja mõistetest. Tuhat aastat tagasi olid olud teistsugused ega ole tänapäevaga võrreldavad. Lisaks on nimed aja jooksul kulunud ja moondunud ning võivad pärineda erinevatest murretest või võõrkeeltest. Kui kohanime samastatakse tänapäevase sõnaga üksnes kõlalise sarnasuse põhjal, on tegemist rahvaetümoloogia.
Sageli arvatakse, et kohad on saanud oma nime mõne isiku järgi. Esmapilgul võib tunduda loogiline, et küla nimetati näiteks suurtalu peremehe järgi, kuid sellist oletust tuleb ka tõendada. Kergema vastupanu teed minnes võib välja mõelda hulgaliselt nimesid, mida võib-olla kunagi olemas olnud. Tõendamata jäävad sellised seletused samuti rahvaetümoloogia valdkonda.
Teine kergekäeliselt seletatav kohanimede rühm on seotud maastikuga. Ka siin on võimalik pakkuda mitmesuguseid maastikuosi tähistavaid sõnu ja omistada need mõne murde arvele. Need sõnad tõepoolest olemas olla, kuid nende seostamiseks konkreetse kohanimega tuleb esmalt kindlaks teha, kas vastavad nähtused uuritaval maastikul üldse eksisteerisid. Arvestada tuleb ka sellega, et maastik on ajas muutuv ning asustuse tekkimisest alates sageli tundmatuseni teisenenud. Üksikute ajutiste nähtuste, näiteks põõsa, veeloigu, linnuliigi, haohunniku või lumehange järgi kohale nime tavaliselt ei pandud. Sellised nähtused ei olnud kohanime väärilised orientiirid.
Kohanimede uurimisel tuleb arvestada ka keelekontaktide ja laensõnadega. Inimesed on läbi aegade rännanud ühest paigast teise ning toonud endaga kaasa oma sõnad, mõisted, keele ja kultuuri. Eesti ala on olnud pikka aega erinevate võõrvõimude mõjuväljas ning seetõttu on võõrkeelte mõju olnud mitmekesine. On tõenäoline, et võõrsilt saabunud ja siin mitme põlvkonna vältel elanud inimesed on jätnud oma keele jälgi ka kohanimedesse. Ajaloo- ja keeleteadlaste ülesanne on selgitada, kes, kuhu, millal ja miks siia tulid, sest see aitab paljude kohanimede tähendusi paremini mõista.
Kokkuvõttes võib öelda, et formaalselt võimalik tõlgendus ei ole piisav, kui sellel puudub veenev põhjendus. Samas tuleb leppida sellega, et isegi hästi põhjendatud ja tõendatud seletus jääb lõppkokkuvõttes siiski hüpoteesiks.
